Zazwyczaj prace magisterskie zawierają jedną główną hipotezę. Powinna być zbudowana do danego problemu badawczego. Hipotezy bez problemu nie da się postawić. Stwarza się ją aby sprawdzić czy rzeczywiście tak jest. Hipoteza powinna być najprawdopodobniejszym wynikiem badania. Od dobrze postawionej hipotezy zależy cała część badawcza pracy.
Główna hipoteza jest bardzo ogólna. Prace magisterskie zawierają jeszcze hipotezy szczegółowe. Są one zbudowane do głównej hipotezy, ale pozwalają na bardziej szczegółową analizę problemu. Całość weryfikuje się na podstawie przeprowadzonych badań. Im więcej jest hipotez, tym praca jest bogatsza i pełniejsza. Nie można przesadzać z ich ilością. Powinny być konkretne i nie powielać się. Każda z nich musi być możliwa do zweryfikowania.
Dzięki hipotezom prace magisterskie nabierają bardziej profesjonalnego charakteru. Badania wykorzystane w pracy mogą dać obraz jakieś sytuacji. Należy dobrze wybrać problem i hipotezę dotychczas nie opisywaną zbyt często. Praca znacznie w takim wypadku zyskuje na wartości. Nie dość, że wiedza z danego zakresu powiększy się to również może przyczynić się do zmian w badanym obszarze wiedzy. Hipotezy muszą być realnie postawione, w przeciwnym razie są niewiarygodne.